元清觀為清朝時期台灣少數以「觀」為名的寺廟，於清乾隆二十八年（西元1763年），由當時福建省泉州移民集資合力興建。

　　道光二十八年因地震使山門與戲台損毀，同治五年再由陳元吉等人發動莮捐整修，直到清光緒十三年(西元1887年)才全部完工，期間歷時二十多年，當時的規模與現在相差不多。

　　日據時期為了道路拓寬，右側約五分之一的結構遭到拆除，外牆內縮使建築失去完整與平衡。至民國七十一年前因違建戶佔住廟內，使得許多石雕和木刻受到損壞，最後市公所與違建戶達成搬遷協議，並著手進行整修，於民國七十七年一月完成。

　　民國七十四年元清觀公告登錄為二級古蹟，民國八十八年九二一大地震使得元清觀也受到損壞而趕緊修復。

　　民國九十五年四月九日深夜，發生無名大火，使得廟宇燒毀大半。

　　民國一百年一月九日進行重修入火安座福醮慶典，由第65代天師張意率領36名護法到場監醮。